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蛋白质全谱分析也可称为质谱shotgun分析，指的是组分分析，研究对象是完整的组织、体液或其提取物，其目的在于鉴定出尽可能多的肽和蛋白质分子。其原理为将溶液内蛋白质分子或SDS-PAGE条带的复杂混合物酶解成肽段混合物，通过液相色谱分离，如2D-LC（阳离子柱SCX和C18反相柱串联）或1D-LC的C18反相柱。串联质谱测试，最后用相应的数据库进行检索匹配，可同时鉴定成百上千种蛋白质。基于质谱技术的全谱分析，可为蛋白高通量的定量和修饰分析提供参考信息。此外，将全谱分析数据和转录组数据结合，可相互补充并共同验证基因注释。 传统的方法如蛋白质微量测序、氨基酸组成分析（如Edman降解法）费时费力、通量低，存在不容易实现规模化和自动化，结果灵敏度差等问题。当前主流的基于软电离技术的液相色谱-质谱系统（LC-MS/MS）是实现高通量蛋白鉴定的主要方法。 其基本原理是：首先将纯化后的蛋白质用消化酶（如胰酶）水解成肽段，肽段混合物经过除盐后首先进入液相色谱，实现初步分离，以降低样品复杂度。经液相色谱分离后的肽段先经过质谱的第一级--离子源（ESI，MALDI）使肽段离子化并形成分散的离子。接着选择部分强度较高的肽段母离子进入质谱的第二级系统（碎裂源）做进一步碎裂，使肽段离子被打碎成更小的、有规律的碎片离子。理论上蛋白质序列经过酶解后形成肽段，肽段再经过理论二级碎裂形成理论的二级碎片离子谱图。然后用实验产生的MS/MS谱图信息（主要包括质荷比、离子强度）与理论产生的MS/MS谱图信息比对，通过比较两者的相似度来确定谱图对应哪个肽段/蛋白。其中理论蛋白质数据库来自基因组预测或前期实验验证等数据。 目前，常用的数据库有NCBI-nr、Uniprot等。常用的搜索引擎有Mascot、Proteinpilot。Mascot一度被业界奉为鉴定软件的金标准，但其算法更偏向于鉴定长度较短的肽段序列。而Proteinpilot由于采用自动容错匹配、对所有可能的蛋白修饰采用了盲搜的策略，无肽段长度偏向性，鉴定效果更好。
*需详细填写样品来源、含量、状态和其他信息
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